Heraldický symbol nebo chcete-li heraldický znak (záměrně se budeme vyhýbat slovnímu spojení “znak obce”)  Zelená Lhota vychází z historických, náboženských, místopisných a krajinných souvislostí, které se k obci a zdejšímu regionu váží. 
Cílem bylo vyjádřit identitu Zelené Lhoty jednoduchými a snadno rozpoznatelnými heraldickými symboly, které mají přímý vztah k místu a jeho minulosti.

Základním prvkem je  zelené pole štítu. Zelená barva přímo odkazuje na český název obce Zelená Lhota i na její historický německý název Grün. Současně připomíná charakter okolní šumavské krajiny, lesy, louky a přírodní prostředí, které jsou s obcí po staletí spjaty. V heraldické symbolice je zelená rovněž barvou přírody, života, obnovy a naděje.

Ústředním znamením je stříbrná sekera se zlatým topůrkem. Sekera je tradičním ikonografickým atributem svatého Wolfganga z Řezna, jemuž je zasvěcen kostel v Zelené Lhotě. Zasvěcení má v obci starou tradici, neboť již před vznikem dnešního kostela zde existovala kaple svatého Wolfganga. Symbol sekery tak připomíná patrona místního kostela a duchovní historii obce.

Sekera zároveň získává další význam díky poloze Zelené Lhoty v lesnaté oblasti Šumavy. Přirozeně připomíná práci se dřevem, lesní hospodářství a každodenní život někdejších obyvatel horského pohraničí. Jediná heraldická figura tak propojuje církevní tradici s charakterem zdejší krajiny a způsobem života jejích obyvatel.

Nad sekerou jsou umístěny tři stříbrné kapky vody. Ty připomínají místní tradici spojenou se svatým Wolfgangem. Podle dochovaného vyprávění měl světec při své cestě krajem přinést po období sucha déšť, po němž se vyprahlá krajina znovu zazelenala. Tato pověst bývá spojována také se jménem Grün – „zelený/zelená“. Nejde o historicky doloženou událost, nýbrž o starou místní tradici, která se stala součástí kulturní paměti obce.

Trojice kapek však nese i další významovou rovinu. Vedle připomínky legendárního deště a životodárné vody odkazuje také na novodobou historii obce, kterou voda zásadním způsobem poznamenala. V 60. letech 20. století došlo k vybudování přehradní nádrže Nýrsko, jejímuž vzniku musela ustoupit i část samotné Zelené Lhoty. Vodní dílo zásadně proměnilo okolní krajinu a zasáhlo do podoby obce i života jejích obyvatel. Kapky tak připomínají vodu nejen jako zdroj života a obnovy, ale také jako sílu, která výrazně formovala novodobé dějiny místa.

Ve spodní části štítu se nachází stříbrné vlnité břevno, symbolizující vodní tok a krajinu Zelené Lhoty. Především odkazuje na Zelenský potok, kolem něhož se obec historicky rozvíjela. Motiv vody zároveň navazuje na tři kapky v horní části znaku a vytváří tak jednotnou symbolickou linii.

Celková kompozice tak vyjadřuje několik základních prvků identity Zelené Lhoty: původní jméno Grün a zelenou krajinu, svatého Wolfganga, vodu a místní legendu, Zelenský potok a novodobou zkušenost spojenou s vybudováním Nýrské přehrady.

Znak se záměrně vyhýbá složitým krajinným výjevům, stavbám či množství drobných symbolů. Je založen na několika výrazných figurách, které jsou dobře čitelné i při zmenšení a odpovídají tradičnímu principu obecní heraldiky.

Znak tak není pouze obrazovým označením obce, ale symbolicky propojuje její jméno, historii, duchovní tradici, krajinu a zásadní události, které formovaly její podobu až do současnosti.